核酸配列を核酸データベース（nt など）に対して検索します。 遺伝子配列の同定、プライマーの特異性確認、クローニング断片の確認などに最もよく使われます。 Megablast（高速・高相同性向け）と Discontiguous Megablast（異種間比較向け）も選択できます。
アミノ酸配列をタンパク質データベース（nr・RefSeq・Swiss-Prot・PDB など）に対して検索します。 タンパク質の機能推定、ドメイン解析、種間の相同タンパク質の同定に使います。 PSI-BLAST（反復検索・遠縁相同性検出）や PHI-BLAST（パターン指定）も利用可能です。
核酸配列を6通りのリーディングフレームで翻訳し、タンパク質データベースを検索します。 新規遺伝子の機能予測、EST配列の解析、未アノテーション領域にコード配列が存在するかの確認に有用です。
アミノ酸配列を、6通りのリーディングフレームで翻訳した核酸データベースに対して検索します。 既知タンパク質に相同な遺伝子が未アノテーションゲノムやESTに存在するかを調べる際に有効です。
クエリ・データベースの両方を6フレームで翻訳して比較します。 塩基レベルでは相同性が低くても、アミノ酸レベルでは保存されている遠縁の遺伝子を検出するのに最も感度が高い方法です。計算コストが高く、長い配列には不向きです。
| プログラム | クエリ | データベース | 感度 | 典型的なユースケース |
|---|---|---|---|---|
| blastn | 核酸 | 核酸 | ★★★（近縁） | 遺伝子同定・プライマー確認・クローン確認 |
| blastp | アミノ酸 | タンパク質 | ★★★★ | タンパク質機能推定・相同タンパク質の同定 |
| blastx | 核酸 | タンパク質 | ★★★★ | 新規遺伝子の機能予測・EST解析 |
| tblastn | アミノ酸 | 核酸 | ★★★★ | 未アノテーションゲノムからの相同遺伝子探索 |
| tblastx | 核酸 | 核酸 | ★★★★★（最高感度） | 遠縁生物間の保存遺伝子探索（低速） |
研究者様、学生の皆さんが個人のPCで、手軽に使っていただけるアプリです。