📥 配列入力
配列タイプ
配列数: 0 最大長: —
⚙️ パラメータ設定
Guide Tree Construction
Clustering Method
mBed Seeds
mBed: O(N log N)の高速クラスタリング。大規模配列セットに有効。Seeds=0で自動設定（√N個）。
Profile Alignment Parameters
Gap Open Penalty
Gap Extension Penalty
Weight Matrix
Use Sequence Weights
Clustal Omegaは常にBLOSUM62を基本行列として使用します。ギャップパラメータはprofile-profile動的計画法に適用されます。
Iteration
Iterations
Iteration Strategy
反復改善: ガイドツリーを再構築しアラインメントを再実行します。大規模データセットでは時間がかかります。
Output
Output Format
Display Width
末端ギャップ補正
📊 解析サマリー
🔬 アラインメント結果
📐 配列同一性マトリクス（%）
🌳 ガイドツリー（mBed/NJ）
Tree layout
Branch lengthはペアワイズ距離行列に基づきます。mBedクラスタリング時は埋め込み距離を使用。
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