🧬 多重配列アラインメント

ClustalW 多重配列アラインメント

本家ClustalWに準拠したパラメータ設定。Fast(k-tuple法)・Slow(Needleman-Wunsch)両モード、BLOSUM/PAM行列、ハイドロフィリックギャップ補正に対応。配列データはブラウザ内のみで処理されます。

📥 配列入力
配列タイプ
配列数: 0   最大長:
⚙️ パラメータ設定
Pairwise Alignment Parameters
For FAST/APPROXIMATE:
K-tuple (word) size
Window size
Gap Penalty
Number of Top Diagonals
Scoring Method
For SLOW/ACCURATE:
Gap Open Penalty
Gap Extension Penalty
Weight Matrix
Multiple Alignment Parameters
Gap Open Penalty
Gap Extension Penalty
Weight Matrix
Weight Transition
Transition Weight
Hydrophilic Gaps
Hydrophilic Residues for Proteins
Output
Output Format
Display Width
末端ギャップ補正 KEGG ClustalWに近づける場合はOFF推奨(端ギャップも通常ギャップとして扱います)
📊 解析サマリー
🔬 アラインメント結果
📐 配列同一性マトリクス(%)
🌳 ガイドツリー(Neighbor-Joining)
Tree layout
Branch length is based on the pairwise distance matrix used for the guide tree. Rooted表示はガイドツリーのrootを左端に置いた矩形表示、Unrooted表示は同じbranch lengthを放射状に配置した表示です。
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