Broad InstituteのGenome Perturbation Platformが提供する公式sgRNA設計ツール。 遺伝子IDまたはRefSeq IDを入力するだけで、 CRISPRko・CRISPRa・CRISPRi の各モードに対応したsgRNAを設計できます。 対応酵素は SpyCas9（NGG）・SaurCas9（NNGRR）・AsCas12a（TTTV）・enAsCas12a。 スコアリングには Azimuth 2.0（Rule Set 2; Doench et al. 2016）を使用し、 オフターゲットはCFDスコアで評価。ライブラリスクリーニング向けの大規模設計にも対応。 以前の GPP sgRNA Designer の後継ツールです。
CRISPick を開く →DNA配列を直接貼り付けて解析できるオープンソースのgRNA設計ツール（UCSC Genome Browser でもホスト）。 700種以上のゲノムに対応し、複数のオンターゲット・オフターゲットスコア （MIT score・CFD score・Doench 2016など）を一括表示します。 クローニング用オリゴ、PCRプライマー、NGS検証プライマーまで自動設計。 SpCas9（NGG）のほか SaCas9・Cas12a など多数の酵素に対応。 非モデル生物や独自ゲノムの実験、詳細なオフターゲット解析に特に有用です。
CRISPOR を開く →| 項目 | CRISPick | CRISPOR |
|---|---|---|
| 入力形式 | 遺伝子ID / RefSeq ID / 配列 | DNA配列（直接ペースト） |
| 対応Cas酵素 | SpyCas9 (NGG)・SaurCas9 (NNGRR)・AsCas12a (TTTV)・enAsCas12a | SpCas9・SaCas9・Cas12a など多数（カスタムPAM指定可） |
| CRISPRモード | ✓ ko・a・i すべて対応 | Knockout（切断）のみ |
| オンターゲットスコア | Azimuth 2.0（Rule Set 2） | Rule Set 1・Doench 2016・複数選択可 |
| オフターゲット解析 | CFDスコア + Tier分類 | MIT score・CFD score・ゲノム全域検索 |
| 対応ゲノム | ヒト・マウス・ラット | 700種以上（カスタムゲノム追加可） |
| クローニング配列 | ✓ オリゴペア | ✓ オリゴ・PCR・NGSプライマー |
| 向いているケース | ヒト・マウス・ラットの既知遺伝子を KO / 発現制御（CRISPRa/i）したい |
任意のDNA配列・非モデル生物・ 詳細なオフターゲット解析をしたい |
CRISPR/Cas9 ゲノム編集の原理
CRISPR/Cas9 は、ガイドRNA（gRNA）が標的DNA配列を認識し、Cas9ヌクレアーゼが二本鎖を切断することでゲノムを編集するシステムです。 gRNAの spacer 配列（20 nt）の設計が、オンターゲット効率とオフターゲットリスクの両方を大きく左右します。
HDR（相同組換え）→ 鋳型DNAを用いた配列ノックイン。
研究者様、学生の皆さんが個人のPCで、手軽に使っていただけるアプリです。